Namun, dalam putusan tersebut, ada tiga hakim MK yang memberikan dissenting opinion atau pendapat berbeda, salah satunya adalah Hakim Saldi Isra, yang menyoroti masalah ketidaknetralan pejabat negara.

Hakim Saldi Isra menyatakan ketidaksetujuannya dengan mayoritas hakim lainnya dalam beberapa poin penting. Menurutnya, ada bukti-bukti yang menunjukkan bahwa pejabat pemerintah tidak netral dalam pelaksanaan pemilu.

Saldi Isra juga menggarisbawahi perlunya penyelenggaraan pemilihan umum yang jujur dan adil, serta mengingatkan agar pejabat negara tidak menggunakan posisi mereka untuk mendukung salah satu calon presiden.

Pendapat berbeda juga diungkapkan oleh Hakim Eni Nurbaningsi dan Hakim Arif Hidayat. Hakim Eni Nurbaningsi berpendapat bahwa pemungutan suara ulang diperlukan di beberapa daerah untuk menjamin kejujuran dan keadilan pemilu.